可以用有機溶劑來清洗進樣針的內壁.在進行清洗時請注意檢查進樣針推桿是否可以平滑地移動，如果在進樣針推桿不以平滑的移動,則可以將推桿取出.推薦使用蘸過有機溶劑的軟布將其擦干凈。

重復使用有機溶劑抽吸色譜進樣器，如果在幾次抽吸之后對進樣針推桿的阻力很快的增加了,說明仍然有一些小的污物存在.發生這種情況后需重復進行清洗過程。

如果進樣針推桿可以流暢的平穩的移動， 檢查針頭是否堵塞。用有機溶劑重復沖洗針頭,檢查樣品被推出針頭的形態。

如果進樣針正常的話樣品將會以一條直線流出.如果針頭有堵塞的話樣品將會從一個方向或一個角度以細霧的形態噴出.即使有時溶劑以直線流出,也要小心檢查看流出的情況要好于正常情況(和一個新的未堵塞的進樣針比較一下流出情況即可)。

色譜進樣器針頭中的堵塞會破壞分析的重現性; 由于這個原因針頭的維護是很必要的。用例如金屬絲的東西除去針頭中的堵塞物. 只有在樣品正常流出的情況下才可以使用針頭。使用吸液器吸液或者注射器清潔器也可以有效地除去針管內的污染物。